Do objawów klinicznych należą o intensywnym rybim zapachu, nie stwierdza się natomiast bolesności, świądu oraz objawów podrażnienia. Przedmiotowo stwierdza się natomiast białawą jednorodną wydzielinę pokrywającą ściany i przedsionek pochwy. Rozpoznanie bakteryjnej waginozy u kobiet w wieku rozrodczym ustala się na podstawie stwierdzenia 3 z 4 kryteriów Amsela:
- rzadka, biaława do żółtej, jednorodna wydzielina z pochwy,
- komórki typu „clue cells” w obrazie mikroskopowym,
- pH wydzieliny pochwowej powyżej 4,5,
- rybi zapach po dodaniu 10% KOH do próbki wydzieliny z pochwy.
Alternatywną metodą rozpoznania BW jest barwienie wymazu z pochwy metodą Grama i ocena materiału w skali Nugent, która opiera się na oszacowaniu proporcjonalnego udziału poszczególnych bakterii (Lactobacillus, Gardnerella, Bacteroides i Mobiluncus).